ПАО «Аптечная сеть 36,6» было создано в 1991 г. В 1991 г. в его структуру вошла одноименная аптечная сеть. В 2003 г. компания провела первичное размещение акций (IPO): компания разместила на Московской межбанковской валютной бирже 20% уставного капитала на сумму 14,4 млн. долл. США.

В 2005 г. компания активно приобретала региональные сети и накапливала долги. В 2007 г. у сети начались финансовые трудности. Именно с этого года ПАО «Аптечная сеть 36,6» работает в убыток. В 2012 г. на рынке появилась информация о слиянии «36,6» с А5, которое могло бы вывести «36,6» из кризиса. Однако слияния так не случилось, зато в ноябре 2013 г. было объявлено об объединении с A.v.e. 30 октября 2014 г. общее собрание акционеров ПАО «Аптечная сеть 36,6» приняло решение о выпуске 1,4 млрд дополнительных акций, часть которых будет оплачена долями в ООО «Аптека-А.в.е» и ООО «Аптечка-А.в.е-1».

До момента увеличения уставного капитала контрольный пакет 51% ПАО «Аптечная сеть 36,6» принадлежит владельцу сети A.v.e кипрской компании Palesora. После завершения всех документальных процедур структура акционеров изменится.

Под управлением нового менеджмента «36,6» находится с декабря 2013 г., однако пока сети так и не удалось выйти на безубыточность. По итогам 6 месяцев 2014 г. долг составляет 9,59 млрд руб.

9 декабря 2014 г. ПАО «Аптечная сеть 36,6» закрыла сделку по покупке российского бизнеса финской компании Oriola KD. Российская сеть купила 100% долей ООО «Ориола», ООО «Витим и Ко», ООО «Ля Прованс на Арбате» и ООО «03 Аптека».

Часть акций компании обращаются на биржах РТС и ММВБ.